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La siguiente es una lista de alteraciones orgánicas que pueden quedar en forma permanente como consecuencia de un trastorno alimentario severo.
Las secuelas son tanto más frecuentes cuanto mayor ha sido el tiempo de evolución de la enfermedad.
Lamentablemente se ha comprobado que la tasa de mortalidad se incrementa ostensiblemente luego de transcurridos cinco años de enfermedad, siendo infrecuente en las etapas iniciales; de ahí la importancia de la detección precoz de estos trastornos para no demorar el tratamiento.

Secuelas cardiovasculares:
- Arritmias: extrasístoles supraventriculares y ventriculares - bloqueos de ramas H. de Hiss - bradicardia
- Disminución del tamaño cardíaco : corazón “en gota”
- Prolapso de válvula mitral: según el grado de severidad, es una de las causas principales de muerte súbita, junto con las arritmias producidas por otros mecanismos
- Hipotensión
- Extremidades frías
- Cierto grado de insuficiencia cardíaca

Secuelas endocrinológicas:
- Ovarios poliquísticos: esterilidad - acné severo - incremento del vello - alopecía - androgenización
- Osteoporosis (disminución de la densidad ósea): tendencia a las fracturas patológicas
- Déficit de hormonas tiroideas, con la consecuente disminución del metabolismo basal
- Trastornos en la regulación de la producción de insulina: curvas anormales de tolerancia a la glucosa

Secuelas dermatológicas:
- Alopecía (caída del cabello): miniaturización de los folículos pilosos, cabello fino, ralo y quebradizo
- Acné tardío
- Piel pálido-amarillenta y seca, con tendencia a la ruptura de vasos capilares (“arañitas”)

Secuelas digestivas:
- Síndrome de malabsorción por “intestino liso”: hay una gran disminución en la superficie absortiva intestinal lo que conlleva fundamentalmente a déficits minerales (hierro, calcio, magnesio y zinc) y polivitamínicos
- Alteraciones en el ritmo evacuatorio: diarrea - constipación
- Reflujo gastroesofágico: debido a alteración permanente del esfínter esofágico inferior provocada por los reiterados vómitos autoinducidos
- Úlcera gastroduodenal - gastritis crónica

Secuelas hematológicas:
- Déficit de leucocitos (glóbulos blancos), lo que determina mayor propensión a las infecciones. Muchos pacientes presentan alteraciones inmunológicas similares a las del SIDA
- Anemia difícil de revertir, con tendencia a la cronificación
- Trastornos en la coagulación sanguínea: déficit de plaquetas

Secuelas nerviosas:
- Anomalías electroencefalográficas
- Atrofia de determinadas áreas cerebrales a expensas de dilatación ventricular: afortunadamente suele ser reversible con la recuperación nutricional
- Psicosis

Secuelas psiquiátricas:
En muchas ocasiones le es difícil al médico psiquiatra efectuar un diagnóstico preciso, puesto que suele haber superposición de signos y síntomas característicos de diversas enfermedades psiquiátricas.
La sintomatología varía en función de la estructura de personalidad y la predisposición genética de cada paciente.
Los trastornos psiquiátricos que con mayor frecuencia se hallan son:
- Trastornos de ansiedad diversos: ansiedad generalizada, trastorno de pánico, fobia social, etc.
- Trastornos afectivos: depresión mayor, trastorno bipolar (alternancia de depresión y manía), trastornos esquizoafectivos, neurosis depresiva
- Trastorno obsesivo-compulsivo (T.O.C.)
- Trastornos psicosomáticos: hipocondría (preocupación y temor a padecer una enfermedad grave) y trastorno de somatización (el paciente "utiliza" múltiples molestias corporales como medio de liberar las tensiones internas)
- Psicosis diversas (esquizofrenia en sus diversas formas, pero sólo en la persona con predisposición heredofamiliar)
- Insomnio y otros trastornos del sueño
- Alteraciones del ritmo circadiano


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